Od próbki po diagnozę. Jak przebiegają badania na obecność koronawirusa

Należy być gotowym na to, że w kolejnych dniach będziemy się dowiadywać o następnych przypadkach Covid-19. Na czym polega diagnostyka takich zakażeń i jak przebiega? Tłumaczą eksperci.

Informacja o pierwszym przypadku zakażenia w Polsce wirusem SARS-CoV-2 powinna ostatecznie zadać kłam sugestiom, że do tej pory takie przypadki były ukrywane. Niby przez kogo: lekarzy, służby sanepidu, diagnostów laboratoryjnych wykonujących badania?

Alina Niewiadomska, prezes Krajowej Rady Diagnostów Laboratoryjnych, już dwa dni temu stanowczo zaprotestowała: „Pojawiające się oskarżenia pod naszym adresem są godne potępienia. Pracujemy pod ogromną presją. Pomimo trudnej sytuacji – bo nasze zarobki są od lat na najniższym poziomie – wykonujemy swoją pracę z należytą starannością, zgodnie z zasadami etyki zawodowej”.

Pacjent, który ma rozpoznane zakażenie Covid-19 wywołane koronawirusem, został umieszczony na oddziale chorób zakaźnych w Zielonej Górze. Próbka, jaka dała pozytywny wynik, trafiła do Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego PZH w Warszawie wieczorem 2 marca i dziś ok. godziny 1 w nocy był znany wynik, o którym minister zdrowia poinformował opinię publiczną o 8 rano. Należy się przygotować na to, że w kolejnych dniach będziemy się dowiadywać o następnych przypadkach. Więc na czym polega diagnostyka takich zakażeń i jak przebiega?

Jak wykryć koronawirusa w laboratorium? Gdzie prowadzi się badania?

Badania w kierunku potwierdzenia zakażenia nowym koronawirusem wykonują w Polsce wyznaczone laboratoria: w Narodowym Instytucie Zdrowia Publicznego PZH (które jest jednocześnie laboratorium referencyjnym, potwierdzającym wyniki budzące wątpliwości w innych placówkach niższej rangi), Szpitalu Zakaźnym w Warszawie oraz w kilku laboratoriach Wojewódzkich Stacji Sanitarno-Epidemiologicznych. Muszą to być placówki co najmniej drugiej klasy bezpieczeństwa biologicznego (BSL-2), na co dzień wykonujące podobne badania u pacjentów z wirusowymi zapaleniami wątroby lub HIV.

– Chińczykom bardzo szybko udało się wyizolować wirusa SARS-CoV-2 i zsekwencjonować jego genom – mówi dr n. med. Matylda Kłudkowska, wiceprezes Krajowej Rady Diagnostów Laboratoryjnych. – Dzięki temu ustalili, które fragmenty genomu są specyficzne tylko dla tego patogenu, a więc przedstawili wzorzec, którego można szukać u chorych z podejrzeniem tej infekcji.

Na szczęście chińscy naukowcy nie ukrywali tych informacji, lecz błyskawicznie podzielili się nimi ze światem. Główne instytucje naukowe zajmujące się badaniami diagnostycznymi wiedziały więc, jakie zastosować tzw. startery, by móc wykrywać obecność tego konkretnego zarazka w otrzymywanych próbkach wydzielin pobranych od pacjentów z podejrzeniem infekcji. Narodowy Instytut Zdrowia Publicznego PZH w Warszawie jako pierwszy w Polsce otrzymał taką matrycę z Berlina.

Próbka w drodze na diagnozę i pozytywny wynik na obecność koronawirusa

Drogę, jaką przemierza próbka ze szpitala zakaźnego do laboratorium diagnostycznego, przedstawia dr Matylda Kłudkowska: – Próbka z wydzieliną, wymazem lub surowicą pobranymi od chorego przez lekarza lub pielęgniarkę trafia do laboratorium potrójnie zabezpieczona. Oznacza to, że przeszkolony personel medyczny powinien materiał najpierw przenieść do jednorazowego naczynia z nakrętką i uszczelką. Następnie umieścić to naczynie w opakowaniu wtórnym, które też musi być odpowiednio zabezpieczone. Po czym te dwa opakowania wkłada w jeszcze jedno zewnętrzne, do którego dołączona będzie koperta ze skierowaniem i danymi personalnymi pacjenta.

Tak zapakowana paczka wyjeżdża z placówki medycznej i jej transport powinien odbywać się w temperaturze 4 st. C. Pracownik laboratorium najpierw ocenia wartość diagnostyczną materiału – a więc zwraca uwagę, jak był zabezpieczony i przewożony, czy w ogóle nadaje się do analizy – a następnie rozpakowuje materiał i izoluje kwas nukleinowy wirusa. – Izoluje materiał genetyczny, w tym wypadku jest to RNA, drobnoustroju obecnego w pobranym materiale i poddaje go reakcji PCR – wyjaśnia dr Kłudkowska. Mówiąc ściślej, chodzi o RT-PCR, czyli z angielska reakcję łańcuchową polimerazy z odwrotną transkryptazą. To metoda diagnostyczna, która służy do namnażania drobnych fragmentów kwasów nukleinowych (RNA) drobnoustrojów pobranych z różnych próbek: wydzielin z górnych lub dolnych dróg oddechowych, krwi, kału. – Za pomocą wspomnianych starterów poszukujemy w przypadku wirusa SARS-CoV-2 trzech jego specyficznych sekwencji. Znalezienie dwóch oznacza wynik dodatni.

Jaki materiał najlepiej nadaje się do badań? Gdzie szukać wirusa?

Jak informuje Anna Dela z NIZP-PZH, do tej pory nie ma jednoznacznych wytycznych, jaki materiał do badań jest najwłaściwszy i powinien trafić do laboratorium. Narodowy Instytut Zdrowia Publicznego PZH otrzymuje najczęściej próbki pobrane z górnych dróg oddechowych, ale zdarzyła się też surowica krwi. – Z wykonanych na świecie analiz wynika, że wirus w wydzielinie z górnych dróg oddechowych jest obecny krótko, przez pięć–sześć dni, a potem można go wykryć w surowicy i kale – mówi dr Paweł Grzesiowski z Fundacji Instytut Profilaktyki Zakażeń, powołując się na jedno z ostatnich doniesień naukowych.

To może oznaczać, że wymazy pobierane od pacjentów, u których infekcja już trwa ponad tydzień, nie muszą wcale wirusa zawierać i należałoby u nich przeprowadzać diagnostykę laboratoryjną na podstawie materiału wyłącznie z surowicy lub kału, czego się jeszcze nie praktykuje. Dr Matylda Kłudkowska nie wyklucza, że w miarę upływu czasu, kiedy będziemy coraz lepiej poznawali koronawirusa, procedury pobierania materiału do badań i sam przebieg testów będą się zmieniać: – Proszę zrozumieć, że wszyscy się uczymy, jak najlepiej reagować na to wyzwanie. Każdy nowy drobnoustrój wymaga najpierw wnikliwego poznania, aby dostosować się jak najlepiej do jego specyfiki, a w tym wypadku na całym świecie trwa równolegle wiele badań i analiz.

Ewa Siedlecka: Niepotrzebna ustawa PiS do walki z koronawirusem

Panika epidemii Covid-19 nie służy

Z tego też powodu nie można się dziwić, że czas oznaczania w różnych laboratoriach sekwencji wirusa nie jest wszędzie taki sam. Protokół przewiduje, że średnio procedura taka powinna trwać osiem godzin, a maksymalnie 18. Ale – uspakajają specjaliści – nie wszędzie jest ten sam sprzęt i w zależności od typu badania (czy jest ono pierwsze, czy kolejne w celu weryfikacji otrzymanego wyniku) różnice mogą być kilkugodzinne. – Szybciej nie znaczy lepiej – podkreśla dr Kłudkowska. Panika i histeria, którą obserwujemy w ostatnich dniach w związku z koronawirusem, pracy laboratoryjnej na pewno nie służy.