Napędzały go dwie namiętności – antykomunizm i pragnienie mówienia niepopularnych prawd, na przekór różnym grupom nacisku. Wszystko, co reżyserował i pisał, zahaczało o politykę – w tym sensie, że demaskowało mechanizmy zniewalania człowieka, analizowało system zagrażający wolności jednostki bądź całych społeczeństw. W znakomitej powieści „Przyznaję się do winy”, której akcja toczy się w czasie procesu László Rajka na Węgrzech w 1949 r., pokazał proces niszczenia człowieka przez państwo i to, w jaki sposób, pod wpływem czego rodzi się sumienie.
Tworzył stosunkowo proste, zaangażowane kino gatunkowe, na antypodach wizjonersko-alegorycznych widowisk dawnych mistrzów: Wajdy, Kawalerowicza, Konwickiego. Wspólnym mianownikiem jego filmów była chęć odkłamania rzeczywistości. Interesował się etyką poddawaną presji Historii. Przyglądał się zmianom, jakie zachodzą w głowie człowieka poddawanego próbie. Zarówno wtedy, gdy wolność była ściśle reglamentowana. Jak i w systemie zachodniej demokracji, którego staliśmy się częścią, gdzie nie ma przecież cenzury, a jednak wciąż bardzo trudno pisać i pokazywać w sztuce prawdę.
Dziadkowie Bugajskiego też walczyli o wolność. Byli zsyłani na Syberię, brali udział w powstaniach, spiskowali przeciwko carowi. Jego ojcu, przedwojennemu działaczowi PPS, cudem udało się uniknąć śmierci w Auschwitz. Wychowany w patriotycznym duchu, w kulcie klasycznej literatury, uczulony na los i krzywdę zwykłych ludzi, bez złudzeń co do natury komunistycznego systemu, marzył o karierze pianistycznej. Za namową rodziców wybrał filozofię. Na reżyserię dostał się za trzecim razem. Studiował na jednym roku m.in. z Feliksem Falkiem i Krystianem Lupą. Gdy rozpoczynał naukę w filmówce, czuło się już twardą rękę pomarcowej władzy.