Projekt ustawy przedstawiło stowarzyszenie Kongres Świeckości, inicjatywa obywatelska przeciwstawiająca się klerykalizacji Polski i podporządkowaniu wszystkich sfer działalności państwowej Kościołowi katolickiemu. Proponowaną ustawę napisano dzięki wielu inicjatywom obywatelskim, stowarzyszeniom i ekspertom prawnym.
Najpierw zdiagnozowano sytuację i stwierdzono, że finansowanie Kościołów (a w szczególności Kościoła katolickiego) odbywa się w Polsce często w sposób niejawny i pozwala im osiągać nienależne w świeckim państwie przywileje finansowe.
Przede wszystkim nie da się oszacować skali dotacji dla Kościołów, bo instytucje państwowe nie prowadzą centralnej ewidencji przekazanych kwot. Nie da się też sprawdzić ksiąg finansowych prowadzonych przez Kościół katolicki, bo jest on zwolniony od prowadzenia księgowości i ujawniania przychodów, a państwo nie kontroluje innych, poza działalnością gospodarczą, wpływów kościelnych: darowizn, dotacji i zbiórek pieniężnych.
Czyta także: Polska religijność w kryzysie
Dotacje publiczne odbywają się na mocy uznaniowych decyzji. Do darowizn na rzecz Kościołów zachęca polityka podatkowa państwa umożliwiająca osobom prywatnym i prawnym odliczenia od dochodów. Ubezpieczenia społeczne duchownych opłaca państwo za pośrednictwem Funduszu Kościelnego.
Inwestycje kościelne mogą być na mocy uznaniowych decyzji zwalniane od podatków – i przeważnie są zwalniane.