Wojskowe Służby Informacyjne zlikwidowano 30 września 2006 r. i było to przedstawiane jako niesłychany sukces. Przypomnijmy, że w tym czasie trwały wojna w Afganistanie i działania wojskowe w Iraku z udziałem polskich żołnierzy. Kontrwywiad i wywiad wojskowy z dnia na dzień przestały istnieć, co oznaczało, że polski kontyngent służący za granicą w najbardziej niebezpiecznych rejonach nagle stracił słuch i wzrok. Podczas misji w Iraku zginęło 22 naszych wojskowych, a w Afganistanie 44, z czego większość w okresie po likwidacji WSI. Krytycy decyzji o rozwiązaniu tej służby specjalnej uważają, że części ofiar można było uniknąć, gdyby WSI nadal prowadziły działania kontrwywiadowcze.
W miejsce tej jednostki natychmiast powołano Służbę Kontrwywiadu Wojskowego (SKW) i Służbę Wywiadu Wojskowego (SWW), ale przyszli tam nowi ludzie, często cywile, którzy na dobrą sprawę nie mieli pojęcia, jak pracuje wojskowa służba specjalna. Zatrudniano głównie zaufanych Antoniego Macierewicza, wywodzących się z prawicowego środowiska „Głosu”, harcerzy z ZHR, osoby z kręgów politycznych ZChN, Ruchu dla Rzeczpospolitej czy Ruchu Odbudowy Polski. Sam Macierewicz najpierw kierował likwidacją WSI, a potem został pierwszym szefem SKW. Sprawiał wrażenie człowieka, który ma poczucie sukcesu.
Ministrem obrony narodowej i przełożonym Macierewicza był wtedy Radosław Sikorski, który dość szybko skonfliktował się z szefem SKW. W styczniu 2007 r. zwrócił się do premiera Jarosława Kaczyńskiego o odwołanie Macierewicza z funkcji. Jako powody podał m.in. pozbawienie polskich żołnierzy ochrony kontrwywiadowczej i amatorski poziom raportów oraz analiz tworzonych przez SKW. Macierewicz jednak pozostał na swoim stołku, a do dymisji podał się Sikorski, wkrótce odszedł z obozu PiS i wstąpił do Platformy Obywatelskiej.