Był pewniakiem od samego początku. Najpierw Kolegium IPN, obstawione przez nominatów PiS, wskazało Jarosława Szarka (rocznik 1963) jednogłośnie jako najlepszego kandydata na prezesa, a zaraz potem parlament potwierdził ten wybór. Inne kandydatury były tylko tłem, o nominację nawet nie starał się żaden ze znanych historyków. Mówią, że to nie miało sensu, bo prezesa i tak już wyznaczył Jarosław Kaczyński.
Nowy szef IPN przez ostatnie 17 lat, czyli od początku istnienia tej instytucji, pracował w krakowskim oddziale Instytutu. Od dawna współpracował z Ryszardem Terleckim, dziś szefem klubu PiS w Sejmie, wcześniej szefem IPN w Krakowie. Pisał pod jego patronatem na Uniwersytecie Papieskim doktorat o działaniach służb bezpieczeństwa wobec krakowskiej młodzieży akademickiej. Z rekomendacji PiS zasiadał przez trzy lata od 2009 r. w Radzie Programowej Radia Kraków. Odszedł w proteście przeciwko nieprzyznaniu TV Trwam miejsca na multipleksie. To drugi, po Januszu Kurtyce (zginął w katastrofie smoleńskiej), prezes IPN wywodzący się z Krakowa. Szarek często powołuje się na Kurtykę, uważa go za mentora.
Wcześniej nie zajmował eksponowanych stanowisk, nie ma doświadczenia w kierowaniu tak dużą instytucją. Dziś w IPN pracuje ponad 2 tys. ludzi, ale w związku z nowelą ustawy o IPN i nowymi obowiązkami kadra z pewnością się rozrośnie. Ujął Kolegium ostrą krytyką poprzedniego kierownictwa Instytutu. – Życzę jak najlepiej Jarosławowi Szarkowi, ale muszę powiedzieć, że bardzo źle zaczął, tak ostro i moim zdaniem niesprawiedliwie krytykując swojego poprzednika. Ryszard Terlecki mówił, że oczekuje od IPN większego dynamizmu.