Jej koszty rosły niczym wielkanocna baba, od 655 mln zł planowanych w 2006 r. do prawie 2,2 mld zł wydanych na koniec 2012 r. Stadion placem budowy był jeszcze w 2013 r., a za rok wykonawcom trzeba jeszcze wypłacić ostatnią ratę (5 proc.) wynagrodzenia, wstrzymaną na wypadek roszczeń z tytułu gwarancji i rękojmi.
Na wniosek sejmowej komisji kontroli państwowej koszty budowy i wykorzystanie stadionu badała NIK. Jej zdaniem Ministerstwo Sportu i Turystyki zasłużyło na ocenę negatywną. Główny zarzut postawiony ministrom sportu (w latach 2006–12 było ich pięcioro), to niezdefiniowanie celów i spodziewanych rezultatów inwestycji, przed jej rozpoczęciem, jak i w trakcie realizacji.
Na początku miało powstać Narodowe Centrum Sportu. Poza halą sportowo-widowiskową i krytą pływalnią jednym z obiektów miał być stadion. Uchwała nr 196 z listopada 2006 r. rządu premiera Jarosława Kaczyńskiego (ministrem sportu był wówczas Tomasz Lipiec) przewidywała na ów sportowy kompleks 1225 mln zł, w tym 655 mln na stadion. Polska była wtedy w finałowej grupie państw, spośród których wiosną 2007 r. UEFA wybrała gospodarzy mistrzostw.
Tuż przed wyborami, po których rządowy ster przejął Donald Tusk, Sejm przyjął ustawę o przygotowaniu finału turnieju Euro 2012, a minister Elżbieta Jakubiak (wtedy PiS) na odchodnym powierzyła spółce Narodowe Centrum Sportu budowę samego stadionu, określając w umowie jego koszt na 1 mld zł. NCS miało zawierać umowy i pilnować budowy, a ministerstwo regulować rachunki. Nowa ekipa w MSiT, kierowana przez Mirosława Drzewieckiego, testowała jeszcze pomysł tzw. Stadion City (stadion narodowy z biznesowym zagospodarowaniem otoczenia). Rozpisano konkurs, zwycięzcom wypłacono 300 tys.