Komisja Majątkowa, przywracająca grunty Kościołowi (patrz ramka), weszła na wojenną ścieżkę z Krakowem 26 września 2006 r. o godzinie 14.32. Dokładna godzina figuruje na faksie przysłanym do sekretariatu prezydenta Jacka Majchrowskiego, informującym, że nowym właścicielem dwóch działek przy ul. Siewnej, które miasto mogło sprzedać za 9,5 mln zł, jest parafia Najświętszej Marii Panny-Bazylika Mariacka. – Wcześniej przynajmniej pytano nas o zdanie i wspólnie z Kościołem uzgadnialiśmy, które grunty im oddać – mówi prezydent Majchrowski.
Komisja Majątkowa może orzekać na tajnym posiedzeniu, jeśli roszczenie nie budzi wątpliwości. Ale w sprawie Bazyliki Mariackiej od samego początku były niejasności. Po wojnie bazylika miała 107-hektarowe gospodarstwo w Bronowicach. W 1947 r. kuria nakazała przekazać część tej ziemi nowej parafii pod wezwaniem św. Antoniego. Przez kolejne lata arcyprezbiter bazyliki stosował różne wybiegi, by gruntów nie oddać. Gdy w 1950 r. komuniści na mocy ustawy tzw. martwej ręki zaczęli odbierać kościołom majątki, bazylika straciła 57 ha, lecz 50 ha, zgodnie z prawem, jej pozostawiono. W latach 70. kuria wymusiła w końcu, by bazylika podzieliła się ziemią z parafią św. Antoniego; po latach zażądała od Komisji Majątkowej zwrotu tych 25 ha.
Od 2003 r. prezydent Majchrowski upierał się, że Bazylice Mariackiej nie przysługuje żadna rekompensata, bo ziemię oddała innej parafii. Podobne stanowisko prezentował Zdzisław Siewierski, ówczesny prezes Agencji Nieruchomości Rolnych, która oddała Kościołowi setki tysięcy hektarów. Protesty agencji mnie nie interesują, bo za dwa tygodnie będzie już inny prezes i zmieni zdanie w tej sprawie – powiedział na spotkaniu z prezydentem Majchrowskim pełnomocnik bazyliki Marek Piotrowski, były oficer SB, który zasłynął ze skutecznego odzyskiwania majątków kościelnych.