Przyszedł na świat w 1851 r. w Smoguleckiej Wsi niedaleko Gołańczy. Jego ojciec Józef Napoleon po okresie burzliwej młodości (powstaniec listopadowy, emigrant, europejski rewolucjonista i mason) został administratorem dóbr smoguleckich hr. Karola Czarneckiego i Eleonory z Mielżyńskich, których małżeństwo bez miłości akurat dogasało. Kościół unieważnił ich ślub, co umożliwiło Eleonorze wyjście za Czapskiego. W 1851 r. urodziła syna Bogdana, a rok później jej drugi mąż umarł na cholerę.
Eleonora Czapska we wdowieństwie przeżyje jeszcze 23 lata, poświęcając je na pielęgnowanie swego zdrowia oraz wykształcenie i towarzyskie ustawienie syna. Pomocne okazały się tu przyjaźnie zadzierzgnięte jeszcze na pensji w Berlinie. Mężowie jej koleżanek, a także poznana w uzdrowisku cesarzowa Augusta to pierwsi protektorzy Bogdana. On sam „odebrał wychowanie na wskroś kosmopolityczne”. Po pierwszych latach nauki w Poznaniu, dalej kształcił się w Szwajcarii i Francji. Poznał członków panującej dynastii, niemieckich i francuskich arystokratów.
Wybuch wojny francusko-pruskiej zastaje Czapską z synem w Paryżu. Bogdan wywozi matkę do Ostendy. Chce jako ochotnik wstąpić do pruskiej armii, ale z uwagi na stan zdrowia dostaje odmowę. Decyduje się „być blisko Ojca Świętego w godzinie potrzeby”. Francuski garnizon w 1870 r. opuszcza papieża i Państwo Kościelne. Wojska Wiktora Emanuela wkraczają do Rzymu. Staje się on stolicą jednoczących się Włoch, a papież Pius IX – „więźniem Watykanu”. Czapski wchodzi w krąg osób świeckich z najbliższego jego otoczenia. Składa też egzamin na licencjata prawa kanonicznego. Choć pociąga go medycyna, uznaje, że w karierze bardziej przydatne będzie prawo, które później zgłębia w Wiedniu, Berlinie i Heidelbergu.
W 1873 r. jako ochotnik służył w pułku dragonów. Rok później objął swoją liczącą 6 tys. ha ordynację. Na jej siedzibę obiera Smogulec, gdzie stawia 24-pokojowy dwór. Do miejscowego kościoła z XVII w. dobudowuje kaplicę wzorowaną, z zewnątrz, na Zygmuntowskiej na Wawelu, a wewnątrz – w części naziemnej, nawiązującą do Złotej Kaplicy Mieszka i Chrobrego w katedrze poznańskiej. W jej podziemiach w marmurowych sarkofagach Czapski składa prochy rodziców.
W służbie
W 1875 r. zdaje egzamin na sądowego referendarza. W swoim, wydanym pod koniec życia, pamiętniku „Sześćdziesiąt lat życia politycznego i towarzyskiego” pisze: „Życie ziemianina, mimo swej wielostronności, nie odpowiadało moim najgłębszym skłonnościom, zbyt już wiele widziałem świata, bym chciał osiąść na wsi. Wszystko mnie parło do działalności w życiu publicznym, w służbie jakiegoś wielkiego organizmu państwowego. Stosownie do mej przynależności państwowej, mogło to być jedynie Królestwo Pruskie i Rzesza Niemiecka”.
Za namową cesarza zdaje oficerski egzamin. Służy w pułku, jest attaché wojskowym w Paryżu i adiutantem namiestnika Rzeszy w podbitej Alzacji, ale omija go wymarzony awans do Sztabu Generalnego, gdzie pruscy junkrzy nie chcą Polaka i katolika. Rozpuszczana jest plotka, że jest agentem Watykanu, zakamuflowanym księdzem jezuitą, który odwiedzanej często cesarzowej Auguście skrycie odprawia msze… Plotkę uprawdopodabnia to, że Czapski, choć zdarzało mu się urządzać nawet bale z tańcami, pozostaje kawalerem. „Jednej rzeczy nigdy nie żałowałem – wspomina – a mianowicie nie wziąłem sobie towarzyszki życia. Brak, którego niejeden mógłby się w tem dopatrzeć, został wynagrodzony niezależnością moją, która właśnie pozwoliła mi prowadzić takie życie, jakie (…) opisuję”.
Odwiedza Amerykę, Rosję, Turcję, Hiszpanię i północną Afrykę. Poznaje królów, cesarzy, sułtana, cara i pięciu kolejnych papieży. W części są to podróże prywatne, ale wysyłany jest też w wielu poufnych misjach, z których sporządza cenione analizy. W 1895 r. dostaje patent majora oraz dziedziczny przywilej krzesła i głosu w Izbie Panów. Wiernie służy pruskiemu państwu, co nie budzi sympatii Wielkopolan. Odpowiada, że „członek mniejszości narodowej (…) obowiązany jest także pracować dla dobra tego państwa, którego jest obywatelem”.
Zniemczony dworak
Z armii w końcu odchodzi i pod koniec XIX w. osiąga swą najwyższą pozycję, jako zaufany sekretarz i doradca kanclerza Chlodwiga Hohenlohe. Czapskiemu przyświecają dwie wielkie idee: „zadowalające ułożenie stosunków między Kościołem katolickim a mocarstwami świeckimi” oraz „pojednanie narodu polskiego i niemieckiego”.
Wykorzystując swe watykańskie kontakty, pośredniczy m.in. w uzgadnianiu kandydatów na arcybiskupie stolice w Gnieźnie i Strasburgu. Opowiada się przeciwko wywłaszczeniom Polaków w prowincji poznańskiej i za pozostawieniem języka polskiego w szkołach przy równoczesnym obowiązku nauki niemieckiego, bo poddani powinni znać mowę swego cesarza i innych współobywateli.
Od Wilhelma II przyjmuje nominację na burgrabiego cesarskiego zamku w Poznaniu. Jest to tytuł honorowy, wiążący się z obowiązkiem asysty przy cesarzu podczas dworskich fet. Ale zamek w Poznaniu – symbol prusactwa – jest dopiero stawiany i burgrabia nadzoruje budowę, a do sali tronowej funduje witraże. Akurat ta jego rola pojednaniu nie służy. Jako burgrabia w grudniu 1914 r. w imieniu cesarza wręcza gen. Paulowi von Hindenburgowi marszałkowską buławę za zwycięstwo nad Rosjanami pod Tannenbergiem.
W sierpniu 1915 r., kiedy niemieckie wojska zajmują Warszawę, Czapski nosi mundur podpułkownika. Zostaje doradcą do spraw polskich przy gen. Hansie Beselerze, generalnym gubernatorze części Kongresówki okupowanej przez Niemców. Staje się pośrednikiem między władzami niemieckimi a Polakami, choć sympatii tych ostatnich nie budzi. Dzięki jego wpływom władze niemieckie zatwierdzają księcia Zdzisława Lubomirskiego na p.o. prezydenta Warszawy (potem i członka Rady Regencyjnej). Jego żona, Maria Lubomirska, o Czapskim w swoim pamiętniku pisze: „człek dobry, lecz tchórzliwy, zniemczony dworak (…). Mieszka w pałacu wuja Józefa Potockiego, wydaje obiady i śniadania na jego srebrze i złocie, a utrzymując w domu ład i porządek, mianuje się dobroczyńcą”.
Cesarski dwór przyszłość Polski widzi w roli strefy buforowej odgradzającej Niemcy od Rosji. Ma ona powstać z ziem Kongresówki (bez Poznańskiego, Śląska i bez dostępu do morza) powiększonych ewentualnie o część Litwy z Wilnem i Mińskiem i pozostawać w ścisłym sojuszu z Niemcami. Doraźnym celem tej koncepcji ma być pozyskanie polskich pracowników dla niemieckiej gospodarki i rekrutów na front wschodni, co zluzowałoby część wojsk niemieckich potrzebnych na froncie zachodnim.
Stąd i przyjazne wobec Polaków gesty ze strony gen. Beselera. Godzi się m.in. na otwarcie Uniwersytetu Warszawskiego i Politechniki Warszawskiej. Obie uczelnie zamknęli wcześniej Rosjanie. Czapski w listopadzie 1915 r. zostaje ich kuratorem i niebawem wznawiają one działalność już jako polskie. Czyni starania, aby na UW otworzyć wydział lekarski i teologiczny. Ponadto nadzoruje i chroni przed rozproszeniem pozostawione w Kongresówce archiwa. Ma okazję uczestniczyć w tworzeniu namiastki polskiej władzy. Podczas uroczystości na Zamku Królewskim to on odczytuje polskie tłumaczenie Aktu 5 listopada.
W polskiej Wielkopolsce
Latem 1918 r. jest już jasne, że Niemcy wojnę przegrały. Jesienią Czapski stara się przekonać polityków w Berlinie, by Piłsudskiego zwolniono z internowania i władzę w Królestwie Polskim przekazano w polskie ręce. Ale „Niemcem czuł się praktycznie do ostatniego dnia wojny. A nawet trochę dłużej” – uważa Katarzyna Grysińska-Jarmuła, autorka biografii Czapskiego. W roli już tylko biernego obserwatora jest na dworcu, kiedy do Warszawy przyjeżdża Piłsudski. Niemcy są rozbrajani, gen. Beseler opuszcza Warszawę i idea wskrzeszenia państwa polskiego sprzymierzonego z Rzeszą definitywnie upada.
Czapski zamienia mundur na cywilne ubranie i w Warszawie pozostaje do 24 listopada. Grysińska-Jarmuła przypuszcza, że może liczył na to, że będzie pomocny w tworzeniu organów nowego państwa. Ale warszawskie salony widzą w nim przede wszystkim wysokiego przedstawiciela okupacyjnej do niedawna władzy. Jeszcze w maju 1919 r. proendecka „Myśl Niepodległa” pisze o nim jako o „pruskim ajencie”, „łotrze nad łotrami, dla którego sucha wierzba polska byłaby zbyt łacna, by na niej zawisnął”.
Cesarz Wilhelm II swoich oficerów i urzędników zwalnia z przysięgi wierności i Czapski po demobilizacji przestaje być niemieckim oficerem, choć jeszcze nie obywatelem. Traktat wersalski przesądza, że Smogulec będzie w granicach Polski i hrabia decyduje się tam osiąść.
Ponieważ nie udaje mu się zaistnieć w warszawskich sferach, skupia się na działalności w Wielkopolsce. Przez 9 lat zasiada w sądzie administracyjnym w Poznaniu. Jest wybierany do sejmiku powiatu w Wągrowcu. Angażuje się w działalność dobroczynną i na rzecz Kościoła.
Hutten-Czapski od 1874 r. jest członkiem Zakonu Kawalerów Maltańskich. Po I wojnie polscy kawalerowie podjęli starania o odtworzenie polskiego przeoratu. W 1920 r. sąd rejestruje Związek Polskich Kawalerów Maltańskich, a hrabia w Rzymie stara się o jego uznanie przez władze zwierzchnie Zakonu. W 1926 r. zostaje prezydentem polskich maltańczyków. Dba o pozyskanie do Zakonu osobistości z politycznych i kościelnych elit (m.in. prezydenta Ignacego Mościckiego, marszałka Józefa Piłsudskiego, kardynałów Aleksandra Kakowskiego i Augusta Hlonda). Mościckiego i Hlonda gości w pałacu w Smogulcu. Wchodzi w krąg elit II RP i mało kto wypomina mu dawną służbę na rzecz „czarnego orła”.
Do końca życia pozostał kawalerem. Na nim kończyła się jedna z trzech gałęzi rodu Czapskich herbu Leliwa. W 1922 r. ich przedstawiciele zaproszeni do Smogulca powołują Związek Rodziny Czapskich. Jednym z obowiązków Związku jest patronat nad muzeum w Krakowie, które założył Emeryk August Hutten-Czapski z białoruskiej linii rodu, znany zbieracz numizmatów.
Jak mówi rodowa legenda, jedna z gałęzi rodziny Czapskich, zamieszkała w Prusach Królewskich, swoich przodków wywodziła od nadreńskiej szlachty rodu von Hutten. Kiedy osiedlili się w Polsce, to do nazwiska dodali „Czapski” (Hut w języku niemieckim to kapelusz, czapka). Niektórzy przedstawiciele rodu używają obu członów nazwiska, a inni, jak Maria Czapska (historyk literatury) i jej brat Józef Czapski (malarz) – jednego.
Hektary, berła i łańcuchy
Po I wojnie w Polsce podjęto reformę rolną. Choć za parcelowane majątki wypłacane są solidne odszkodowania, ziemianie starają się przed tym uchronić. Wywłaszczenia, z uwagi na swe niedawne powiązania z pruskim państwem i brak potomków, obawia się także Czapski, który zna i umie stosować prawo. Hrabia w 1922 r. usynawia więc 25-letniego Emeryka Augusta Hutten-Czapskiego jr., wnuka założyciela krakowskiego muzeum i najmłodszego wówczas w Polsce starostę ze Stołpców.
W 1924 r. powołuje Czapski fundację na rzecz naukowych potrzeb uniwersytetu i politechniki w Warszawie, uczelni, których był kuratorem. Wnosi do niej 2683,4 ha swoich dóbr i dwór, który ma być domem pracy i wypoczynku dla profesorów, funduje także uczelniom rektorskie berła i łańcuchy. „Warunkiem wszelkich dalszych kroków było, że dobra te zostają w drodze specjalnej ustawy wyjęte spod działania reformy rolnej”.
Huczne obchody 80 rocznicy urodzin (31 maja 1931 r.) hr. Hutten-Czapski opisał sam w wydanej przez siebie okolicznościowej broszurze. Dzień rozpoczyna się „od solennej Mszy św.”, po której jubilatowi życzenia składają pracownicy jego dóbr i lokalne organizacje ze sztandarami. W drugiej części pojawiają się najważniejsi goście: wojewoda, rektorzy obu uczelni, ambasador polski w Paryżu, dowódca okręgu korpusu, prezesi sądów i izby rolniczej, profesorowie, księża, kawalerowie maltańscy, wielu ziemian i prasa. Delegacja UW wręcza hrabiemu dyplom doktora honoris causa Wydziału Lekarskiego (wcześniej PW uhonorowała go dyplomem doktora h.c. nauk technicznych). Hutten-Czapski rewanżuje się aktem własności dóbr przekazanych Fundacji na „krzewienie ojczystej nauki”.
Odczytano telegramy z życzeniami od prezydenta Mościckiego i prymasa Hlonda z informacją, że papież nadał mu Krzyż Wielki Orderu Świętego Grzegorza Wielkiego. Od prezydenta wielkopolskich ziemian Czapski słyszy: „byłeś zawsze chlubą ziemiaństwa naszego”. Hrabia, który przez pół wieku z własnej woli starał się być wzorem Prusaka, ostatecznie staje się wzorem Polaka.
Resztę życia spędza na spisywaniu pamiętników. Zmarł 13 maja 1937 r. Spoczął w kaplicy w Smogulcu. Tablica głosi: „Bogdan hrabia Hutten Czapski, urodzony w roku 1851, zmarły w roku 1937, niegdyś pan ma Smogulcu, teraz proch, popiół i nic”.