Z dala od bezczasowego mistycyzmu. Starożytni chrześcijanie, należący do elity intelektualnej Cesarstwa Rzymskiego, chcieli wypowiedzieć swoje religijne idee w języku modnych ówcześnie filozoficznych prądów, neoplatonizmu i gnostycyzmu, co doprowadziło do sporów doktrynalnych, rozstrzyganych na soborach IV i V w. W średniowieczu wyzwaniem było pojawienie się w środowiskach akademickich pism Arystotelesa, filozofa znanego z empirycznego podejścia, podejrzewanego o materializm. W tamtych czasach skłaniano się raczej ku mistycznym wzlotom neoplatońskich nauk – czytano św. Augustyna, Pseudo-Dionizego Areopagitę itp. Zniesiono jednak zakazy wykładania Arystotelesa na głównych uniwersytetach Zachodu. Komentarze do całości jego dzieł napisali m.in. Albert Wielki i Tomasz z Akwinu (XIII w.). Do intelektualnego obiegu Europy wniknęła nowa wrażliwość, podejście przyrodnicze, nastawienie analityczne, logiczne i matematyczne. Zmieniło to zasadniczo kierunek duchowego rozwoju naszej cywilizacji, która oddaliła ryzyko zatopienia się w bezczasowym mistycyzmie Wschodu.
Rozstaje dróg. Rozum ma swoje racje (aksjomaty) i wiara ma swoje racje – ustalił kanonicznie dla katolicyzmu Tomasz z Akwinu. Pewne rzeczy można badać siłami naturalnego rozumu, a więc… bez wiary i objawienia. Nie wszystko zależy od religii, nie wszystko jest religią – to był pierwszy impuls sekularyzacji.
W sposób radykalny myśl o autonomii badań naukowych wobec wiary wypowiedział franciszkanin Wilhelm Ockham (XIV w.), przez wielu uważany za ojca nowoczesnej nauki i nowoczesnej religii (przypisuje mu się postulat, aby nie tworzyć bytów ponad potrzebę, czyli upraszczać rozumowanie – zasada ta zwana jest brzytwą Ockhama). Nie można zdobyć wiedzy o Bogu na podstawie poznania (kontemplacji) świata, wszechmocny Stwórca jest dostępny wyłącznie w aktach pobożności.