Pierwsze wyzwanie. W chwili objęcia rządów miał jedynie 16 lat, dlatego w sprawowaniu władzy wspierała go rada opiekuńcza, do której należała również matka Katarzyna, księżniczka brunszwicka. Pierwszym dużym wyzwaniem, z którym musiał się zmierzyć tuż po objęciu godności elektorskiej, była obrona Miśni przed czeskimi husytami. Od 1429 r. pod dowództwem Prokopa Wielkiego (jako duchowny nie nosił broni, nie brał bezpośredniego udziału w walce, zajmował się jedynie dowodzeniem), wyprawiali się oni w łupieżczych wypadach na zachód Europy. Mieli do tego wiele powodów. Czechy, po 10 latach ciągłych walk na ich terytorium, były mocno spustoszone, brakowało żywności i innych towarów. W 1429 r. husyci dwukrotnie wtargnęli do Miśni.
Elektor nie odważył się stanąć do decydującej bitwy, tym bardziej że książęta niemieccy odmówili mu wsparcia. Wojska husyckie wprawdzie szerokim łukiem omijały duże miasta i umocnione zamki, lecz straszliwie pustoszyły miasteczka i wsie. Najazdy husyckie trwały aż do chwili, gdy Wettynowie zawarli z nimi układ pokojowy w 1459 r. Granicę między Czechami a Saksonią ustalono wówczas na wysokości Rudaw i na środku Łaby; w dużym stopniu obowiązuje ona do dziś. Jest to zatem jedna z najstarszych wciąż istniejących granic w Europie.
Wojna z bratem. Wojny z husytami doprowadziły do finansowych problemów. Chcąc odbudować zniszczone w trakcie najazdów miasteczka, a przede wszystkim wsie, elektor musiał się porozumieć z miastami, szlachtą i duchowieństwem, gdyż bez ich finansowego wsparcia odbudowa kraju była niemożliwa. Dlatego też w 1438 r. w Lipsku zorganizował spotkanie z ich przedstawicielami. Uchodzi ono za pierwszy sejm krajowy w Saksonii.
W 1445 r. w Altenburgu doszło do podziału terytoriów należących do elektoratu saskiego pomiędzy Fryderyka II a jego brata Wilhelma III, z którym do tej pory elektor zgodnie rządził.