Masowe rozstrzeliwania, mordy i pogromy. Nowa faza prześladowań Żydów rozpoczęła się po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej 22 czerwca 1941 r. Podlegające szefowi Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy (RSHA) Reinhardowi Heydrichowi grupy operacyjne policji bezpieczeństwa (Einsatzgruppen) – oznaczone A, B, C i D, podzielone na oddziały operacyjne (Einsatzkommandos) i specjalne (Sonderkommandos), wspomagane przez bataliony policyjne – rozpoczęły masowe rozstrzeliwania Żydów na terenach zajmowanych przez Wehrmacht. Z punktu widzenia Hitlera Związek Sowiecki był całkowicie przesiąknięty żydowskimi wpływami, a zniszczenie bolszewizmu stanowiło jeden z najważniejszych celów ideologicznych. Do jednej z pierwszych masakr doszło w Białymstoku, gdzie zamordowano kilka tysięcy Żydów.
Niemcy nie bez racji liczyli na daleko idącą współpracę ze strony ludności okupowanych przez Józefa Stalina państw bałtyckich oraz Ukrainy, wiążącej z Trzecią Rzeszą polityczne nadzieje. Heydrich zalecał dowódcom Einsatzgruppen nie tylko nieprzeszkadzanie „dążeniom do samooczyszczenia na nowo zajętych obszarach”, lecz także dyskretne ich wywoływanie i kierowanie „na odpowiednie tory”. Na Litwie doszło do licznych pogromów z udziałem miejscowej ludności. W samym Kownie między 25 a 29 czerwca 1941 r. śmierć poniosło kilka tysięcy Żydów. Z nie mniejszą gorliwością w takich prześladowaniach uczestniczyli Estończycy i Łotysze. Mimo iż polityczne rachuby kolaborantów nie zostały zrealizowane, Niemcy zaczęli wkrótce wykorzystywać tworzone przez nich oddziały w skoordynowanych działaniach ludobójczych.
Na okupowanych ziemiach polskich (w Łomżyńskiem i na Białostocczyźnie) do mordów i pogromów doszło w kilkudziesięciu miejscowościach.