Eugenia María Ignacia Augustina Palafox de Guzmán Portocarrero y Kirkpatrick de Closeburn wywodziła się z arystokratycznego rodu o hiszpańsko-szkockich korzeniach. Ze względu na spory majątek i urodzenie jej rodzice mogli wybierać wśród kandydatów do ręki córki. Na przełomie lat 40. i 50. XIX w. matka przeniosła się wraz z Eugenią do Paryża z myślą o zapoznaniu jej z Ludwikiem Napoleonem Bonapartem, prezydentem II Republiki (w latach 1848–52, następnie do 1870 r. cesarzem Francuzów). Ten był wówczas na etapie poszukiwania kandydatki na małżonkę i zakochał się w pięknej Eugenii na jednym z przyjęć. Ich ślub w styczniu 1853 r. był już związkiem cesarskiej pary (na mocy przeprowadzonego parę tygodni wcześniej referendum republikę zastąpiło cesarstwo).
Z pewnością Eugenia odznaczała się wyjątkową urodą. Pisarka George Sand spotkała cesarzową w 1853 r. i opisała jako kobietę „cudownie proporcjonalną”. Według Sand Eugenia miała „głowę dumnie uniesioną na olśniewająco białej szyi i pięknie ukształtowanych ramionach (...) wieńczy ją masa kręconych włosów, których kolor, ni rudy, ni złoty, ni kasztanowy, wydaje się sumą tych trzech barw, co niektórzy przypisują sztuce. Jej cyzelowane rysy mają doskonałość greckiej rzeźby. Ale największe piękno tkwi w jej ciemnoniebieskich oczach, osłoniętych czarnymi brwiami”.
Urok Eugenii otwierał Napoleonowi III wiele dyplomatycznych drzwi. Tak stało się podczas ich wizyty w Wielkiej Brytanii w 1855 r. Królowa Wiktoria była podejrzliwa wobec kolejnego Bonapartego i nazywała go uzurpatorem, ale pod wpływem jego młodej żony zmieniła zdanie. Napoleon otrzymał nawet Order Podwiązki, najwyższe brytyjskie odznaczenie. Akceptacja ze strony najbardziej szanowanej monarchini w Europie położyła kres nieufności, jaką pozostałe mocarstwa otaczały dotąd II Cesarstwo Francuskie.