Koniec religii stanu. Zlikwidowana w 1795 r. I RP była państwem wielonarodowym i wieloreligijnym. Uchwalona w przeddzień upadku Konstytucja 3 maja nie wprowadzała rozdziału państwa od Kościoła, sankcjonując uprzywilejowaną pozycję katolicyzmu. Konstytucja napoleońskiego Księstwa Warszawskiego (1807–15), okrojonej mocno namiastki państwa, nazywała go jeszcze religią stanu, dopiero w konstytucji tzw. Kongresówki (1815–30), podporządkowanej cesarstwu rosyjskiemu, nie było już wzmianki o specjalnym statusie wyznania rzymskokatolickiego.
Pod berłem carów. Większość ziem Rzeczpospolitej (66 proc.) dostała się pod berło carów. Mieszkało tam wówczas więcej prawosławnych (2,8 mln) niż katolików (2,1 mln), ale także 1,6 mln związanych z Rzymem tzw. grekokatolików (unitów – od zwolenników unii brzeskiej z 1596 r. między Kościołem rzymskim a prawosławiem na ziemiach RP). Unici i tzw. staroobrzędowcy, czyli wyznawcy prawosławia nieuznający reform wprowadzonych w XVII w. w Cerkwi ruskiej, byli dyskryminowani, a oporni spychani do religijnego podziemia.
Carska polityka wyznaniowa była mocno związana z narodowościową, zwłaszcza po powstaniach polskich 1830 i 1863 r. Kościół katolicki i katolików uważano za zaplecze polskich buntów, toteż rusyfikacja oznaczała także walkę z katolicyzmem. A skutki tego były podobne jak w zaborze pruskim: z jednej strony wynarodowienie i konwersje na wyznanie panujące, ale z drugiej umacnianie poczucia, że katolicyzm jest integralną częścią polskości.
Pod berłem cesarzy. W zaborze pruskim (20 proc. dawnej RP) dominowali katolicy (2,5 mln); rodzimych protestantów było ok. 350 tys., w tym wielkie skupiska Polaków ewangelików na Mazurach i na środkowym Śląsku. Prusy, gdzie dominował protestantyzm, były państwem policyjnym, przyznającym władzom prawo do kontroli nad wszelkimi instytucjami religijnymi; w połowie XIX w.