Młodsza siostra Marii, Anna Stuart (1665–1714), od dziecka była słabego zdrowia i powszechnie uważana za zbyt delikatną, żeby przeżyła. Używała słabego wzroku jako wymówki, żeby unikać książkowej edukacji, nie przeszkadzało jej to jednak w prowadzeniu rozległej korespondencji. Mniej błyskotliwa od starszej siostry i w porównaniu z nią wręcz flegmatyczna, wyrosła na osobę nieśmiałą i skrytą. Miała bardzo wiele stuartowskiego uporu, dobrą pamięć i nie zapominała zniewag.
Wydano ją za mąż za młodszego syna króla Danii. Książę Jerzy był luteraninem, 12 lat od niej starszym i w opinii współczesnych tępym. Król Karol II powiedział o nim: „Szukałem w nim czegoś na trzeźwo, szukałem po pijaku i nic nie znalazłem”. Książę Jerzy był wiernym mężem, co stanowiło wyjątek w tamtych czasach, a Anna bardzo go kochała. Poza tym jadł za dużo i pił za dużo, choć to akurat wówczas nikogo nie dziwiło.
Po koronacji ojca została jedynym anglikańskim członkiem rodziny królewskiej. Regularnie korespondowała z siostrą, dostarczając jej informacji o życiu angielskiego dworu. To Anna zasiała w umyśle Marii podejrzenie, że w 1688 r. królowa Maria z Modeny jedynie udaje ciążę. Wokół narodzin syna Jakuba II już wówczas narosło wiele podejrzeń. Twierdzono, że istniał papistowski spisek i ciąża od początku była fałszywa lub że królowa poroniła, a na miejsce małego królewicza podłożono inne dziecko. Wydaje się jednak, że istniał jedynie protestancki spisek, żeby zdyskredytować następcę tronu. Anna nie uczyniła nic, żeby te wątpliwości rozwiać. Wymawiając się chorobą, nie uczestniczyła w porodzie królowej, który był wtedy spektaklem publicznym właśnie po to, żeby jego świadkowie mogli zagwarantować, że nie doszło do oszustwa.
Po wylądowaniu w Anglii Wilhelm Orański obwieścił w manifeście, że jednym z powodów jego przybycia jest konieczność zbadania, czy książę Walii jest dzieckiem króla.