Prezes PLL LOT Jan Litwiński poleciał ze stanowiska w pierwszej połowie 2003 r., gdy wyszło na jaw, że brał wynagrodzenie nie tylko z kasy własnej spółki, ale też płacił mu SAirGroup, szwajcarski akcjonariusz, właściciel linii Swissair. Następnym prezesem został Marek Grabarek. Utrzymał się 30 miesięcy. Potem związkowcy stracili do niego cierpliwość. W LOT jest sześć organizacji związkowych, więc nie ma lekko. Po Grabarku na krótko przyszedł Tomasz Kopoczyński, reprezentujący w radzie nadzorczej LOT syndyka upadłej SAirGroup. Po nim prezesem został Krzysztof Kapis, były szef Urzędu Lotnictwa Cywilnego. Poleciał po siedmiu miesiącach. Oficjalnie za brak strategii, nieoficjalnie za to, że w jednej z publicznych wypowiedzi stwierdził, że gdyby LOT został przejęty przez Luft-hansę, nie byłoby tragedii.
Po nim obowiązki prezesa przejął reprezentant Skarbu Państwa w radzie nadzorczej Tomasz Dembski. Miał szanse na prezesowską nominację, bo popierał go minister Jasiński, ale skłócił się ze związkowcami, więc nie doleciał do fotela. Po nim prezesem został Marek Mazur. Trochę przez przypadek, więc na stanowisku zabawił nieco ponad miesiąc. Potem przez moment kierował LOT Andrzej Wysocki, jeden z wiceprezesów, tylko dlatego, że jako jedyny z zarządu dłużej niż rok pracował w spółce i tylko on mógł podpisywać dokumenty. Po nim prezesem był Piotr Siennicki, menedżer z branży energetycznej. Zabawił w LOT niecały rok. Poleciał, bo był z nadania PiS, a w tym czasie zmieniła się władza. Po nim fotel objął Dariusz Nowak. I on utrzymał się niecały rok – nie czekał na zwolnienie, sam złożył dymisję. Poleciał za nietrafione transakcje mające zabezpieczyć spółkę przed wzrostem cen paliw.
Po Nowaku, w marcu tego roku, obowiązki przejął Sebastian Mikosz, niegdyś wiceprezes Polskiej Agencji Informacji i Inwestycji Zagranicznych.