Według prokuratury Mieczysław Wachowski w 2003 r., powołując się na swoje wpływy, obiecał załatwić braciom G., dwóm biznesmenom z podłódzkiego Rzgowa, zalegalizowanie zbudowanych przez nich wielkich hal targowych. Za przysługę tę miał zażądać miliona złotych. Pośredniczyć w interesie miał adwokat Jerzy P., który za swoje usługi chciał jakoby 50 tys. zł. Śledztwo w sprawie łapówek za hale toczy się już od kilku miesięcy. W związku z nim zatrzymano wcześniej dwóch polityków lokalnych związanych z SLD – byłego wiceprezydenta Łodzi Marka K. i radnego Tomasza R. oraz Tomasza S., byłego zastępcę Mazowieckiego Inspektora Nadzoru Budowlanego.
Sprawa łódzka nie jest jedynym problemem, jaki były minister ma z aparatem ścigania i wymiarem sprawiedliwości. 26 października w Warszawie ma się zacząć proces, w którym Wachowski oskarżony jest o złożenie fałszywych zeznań. Przesłuchiwany w charakterze świadka Wachowski zaprzeczył, że otrzymał od Sławomira M., biznesmena z Magdalenki, 30 tys. dol. za załatwienie wizy do USA i że na piśmie pokwitował odbiór tej kwoty. Tymczasem grafolog uznał, że podpis widniejący pod pokwitowaniem jest podpisem Wachowskiego.
Z kolei Prokuratura Apelacyjna w Krakowie prowadzi śledztwo, w którym nazwisko byłego ministra przewija się w kontekście przemytu kokainy z Ameryki Łacińskiej. Śledztwo to wszczęto w związku z zeznaniami, jakie przekazali Polsce Amerykanie. Część tych zeznań trafiła do Prokuratury Okręgowej w Gdańsku, która od lat bada sprawę nadużyć przy sprowadzaniu samochodów jako tzw. mienia przesiedleńczego (bez cła). W tych materiałach również pojawia się nazwisko Wachowskiego.
Awans szofera na ministra stanu nie przysporzył Wachowskiemu sympatii wśród osób z najbliższego otoczenia Wałęsy. Część z nich wyeliminował z gry, część sama się usunęła, nie akceptując jego poczynań.