17 lutego 1600 r. na rzymskim targu kwietnym Campo dei Fiori spalono żywcem wolnomyśliciela Giordano Bruno. Przed egzekucją zakneblowano mu usta kołkiem. Święta Inkwizycja skazała Bruno na śmierć, uznawszy go po siedmioletnim procesie za niezdolnego do skruchy heretyka. Wysłuchawszy sentencji wyroku Bruno wypowiedział do kościelnych sędziów jedno zdanie: „Wy, którzy wydaliście ten wyrok boicie się może bardziej niż ja, który go otrzymałem”.
Ówczesny papież Klemens VIII nalegał na inkwizytorów, by nie wahali się skazać panteisty Bruno, głosiciela nieskończoności wszechświata i pokoju między religiami, na śmierć. Chrześcijańskie sumienie i godność głowy Kościoła mu w tym nie przeszkadzały. Nie byłby w stanie wyobrazić sobie, że równe czterysta lat później kardynał Angelo Sodano, numer dwa w watykańskiej hierarchii, uzna egzekucję Bruna za czyn straszliwy, godny najgłębszego ubolewania.
Przez długie wieki ludzie Kościoła uważali za pewnik, że Kościół Chrystusowy nie może się mylić i zawsze działa w dobrej wierze. To poczucie służby Ewangelii automatycznie uspokajało sumienia chrześcijan, a zwłaszcza kościelnych elit. Jeszcze niespełna sto lat temu, w lipcu 1907 r., papież Pius X podpisał wykaz 65 „błędów” tak zwanego katolickiego modernizmu, pragnącego bez wyrzekania się wiary towarzyszyć rozwojowi nauki i kultury, a księży katolickich zmusił do składania „przysięgi antymodernistycznej” (w całym Kościele odmówiło tylko 40). Pius X tak samo jak Klemens VIII nie wierzyłby oczom, czytając wydany w 2000 r. dokument komisji teologicznej kardynała Ratzingera, zachęcający do uznania win Kościoła w imię pojednania wśród chrześcijan.
Papieskie przeprosiny nie są jednak zaskoczeniem. Kościół przygotowywał się do nich od lat.