Historyczne korzenie BOR – wyspecjalizowanej w ochronie VIP i najważniejszych dla państwa obiektów Jednostki Wojskowej nr 1004 – sięgają 1944 r. Wtedy to dla ochrony władz PKWN z frontu ściągnięto Polski Samodzielny Batalion Specjalny i utworzono Wydział Ochrony Rządu. 1 marca 1945 r. batalion włączono w skład Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego. Z czasem zadania ochronne zaczęły narastać i w 1949 r. z batalionu wykluł się Departament Ochrony Rządu MBP, który w grudniu 1956 r. przekształcił się w Biuro Ochrony Rządu, bezpośrednio podporządkowane ministrowi spraw wewnętrznych. Po czerwcowych wyborach 1989 r. funkcjonariusze BOR stali się żołnierzami i tym samym uniknęli weryfikacji, którą przeszli ich resortowi koledzy z rozwiązanej Służby Bezpieczeństwa i niektórych pionów MO.
I wszystko spokojnie toczyłoby się dalej, gdyby nie wpisano w 1997 r. do nowej konstytucji, iż wszystkie jednostki wojskowe mają podlegać wyłącznie ministrowi obrony. Odpowiednie zapisy znalazły się więc w ustawie o działach administracji rządowej. Szefowi MSWiA odebrano prawo do posiadania żołnierzy (a miał ich ponad 12 tys.: BOR, GROM i Nadwiślańskie Jednostki Wojskowe), ale zarazem w gestii pozostawiono większość wykonywanych przez nich zadań, m.in.: ochronę VIP, najważniejszych urzędów, ambasad i stanowisk kierowania państwem na wypadek wojny.
Szybko się też okazało, że minister obrony, który sam podległe mu wojsko co roku musi redukować o kilka tysięcy żołnierzy, nie jest zainteresowany w przejęciu żołnierzy z MSWiA (poza jednostką GROM). Wtedy zdecydowano o przekształceniu BOR w formację o charakterze policyjnym (żołnierze BOR mieli zostać funkcjonariuszami, podobnie jak żołnierze Wojsk Ochrony Pogranicza stali się funkcjonariuszami Straży Granicznej) i o rozformowaniu Nadwiślańskich Jednostek Wojskowych MSWiA.