Swoją historię zawdzięcza Uniejów rzece Warcie, która w XIII w. zmieniła bieg, pozbawiając znaczenia sąsiedni Spycimierz – dziś znany z olbrzymich kwiatowych dywanów układanych podczas procesji Bożego Ciała – i tworząc w Uniejowie wygodny bród. Najpierw stanęła tu drewniana fortalicja, spalona podczas krzyżackiej rajzy zakończonej bitwą pod Płowcami. Konieczność budowy warowni stała się oczywista. Inicjatorem był arcybiskup gnieźnieński Jarosław Bogoria ze Skotnik, wychowawca i współpracownik Kazimierza Wielkiego. Pierwsza wzmianka o zamku, zbudowanym w latach 1360–1365, znajduje się w słynnej kronice Jana Długosza. Uniejów wpasował się w system obronny rozmieszczonych co 30 km zamków (m.in. Koło, Łęczyca, Sieradz). Był na tyle solidny i gotowy do obrony, że nigdy nie został zaatakowany. Jedyna bitwa, jaka się tu rozegrała, to bójka między braćmi o spadek po ojcu, zdeponowany w zamkowym skarbcu.
Gdy Gniezno było zagrożone, do Uniejowa zwożono dokumenty kancelarii biskupiej, kosztowności i relikwie. Podczas wojny trzynastoletniej (1454–66) była tu przechowywana skrzynia z głową św. Wojciecha, relikwie św. Gedeona, pastorały, srebrne lichtarze, złota monstrancja i kielich arcybiskupi. Z tamtych czasów pochodzi legenda o podziemnym przejściu pod Wartą, które prowadzi z zamku do kościoła i gdzie do dziś znajduje się część skarbów.
– Argumenty za: zamek i kościół zbudowano w tym samym czasie i z polecenia tego samego arcybiskupa. Inżynieryjnie to dałoby się zrobić, a na biednego nie trafiło, bo arcybiskupi gnieźnieńscy to byli najpotężniejsi feudałowie ówczesnej Polski. Skoro Uniejów miał być schronieniem dla kosztowności, takie przejście byłoby logiczne, w pobliżu kościoła nurt Warty jest zawsze niespokojny i wzburzony – wylicza Tomasz Wójcik, miejscowy radny i historyk.