Drugi Sobór Watykański obradujący w Rzymie w połowie lat 60. XX w. nie bronił dwóch kościelnych instytucji: inkwizycji i indeksu ksiąg zakazanych dla katolików. Jeśli jest na świecie jakaś książka do zakazania, to jest nią indeks ksiąg zakazanych! – wołali krytycy. Biskupi i kardynałowie reformiści przypominali, jakim ciosem w wiarygodność Kościoła w oczach elit intelektualnych było potępienie poglądów Galileusza i Kopernika.
Po Soborze Watykan wprowadził korekty w dyscyplinie kościelnej. Kongregacja Doktryny Wiary wydała 14 czerwca 1966 r. dokument zwany notyfikacją, a w listopadzie jeszcze dekret z postanowieniem, że indeks traci moc obowiązującego w Kościele prawa, zachowuje zaś moc moralną. Oznacza to, że Kościół nadal ma obowiązek przypominać wiernym, że są dzieła mogące szkodzić wierze i moralności katolickiej. Teraz jednak wierni mogą rozstrzygać w sumieniu, czy i jak chcą się indeksem kierować.
Indeks powstał, by katolik wiedział, czego Kościół zabrania czytać.
Na straży stała Święta Inkwizycja, która mogła zażądać od władzy świeckiej ukarania – nawet śmiercią – autorów uznanych przez inkwizycję za źródło zgorszenia lub herezji. Zakazane pisma trafiały często na stos – jak ich autorzy. Ale jeśli pisarze naprawili błędy wytknięte im przez cenzorów, mieli szanse wyjść z tarapatów.
Cenzurowanie pism zdarzało się w Kościele już w starożytności. W V w. n.e. powstał pierwszy wykaz dzieł odrzuconych i przyjętych przez ówczesny Kościół, tzw. dekret papieża Gelazego. Różnica między starożytnymi wykazami ksiąg odrzuconych przez Kościół a indeksem rzymskim z XVI w. polegała na tym, że teraz za złamanie zakazu obcowania z dziełami na indeksie groziły dotkliwe kary. Ale trzeba pamiętać, że indeks i inkwizycja rzymska to produkty epoki gwałtownych konfliktów w chrześcijaństwie zachodnim, w którym nasz współczesny system praw człowieka jeszcze nie istniał.