List pasterski prymasa Józefa Glempa, odczytany w kościołach 1 września, jest kolejnym – po dekrecie prymasowskim z 14 sierpnia – świadectwem narastającego w polskim Kościele wewnętrznego konfliktu, któremu na imię o. Tadeusz Rydzyk. Styl działania, także treści Radia Maryja budziły niepokój Episkopatu (zwłaszcza niektórych hierarchów) już w 1995 r., lecz mimo różnych prób nigdy nie udało się powoływanym komisjom Episkopatu przejąć opieki nad rozgłośnią czy też objąć ją „duszpasterską troską”. Dzisiaj dwa kolejne wystąpienia prymasa, który jest biskupem warszawskim, dotyczą w sensie wykonawczym archidiecezji warszawskiej, jednak stawiają pytania wobec polityki innych biskupów i przymuszają ich do jasnych deklaracji. Prymas wyraźnie bowiem stwierdził, że żadna instytucja kościelna nie może działać bez zgody biskupa na terenie jego diecezji, co wobec faktu, że biura Radia Maryja obecne są właściwie w każdej parafii na prawie li tylko zasiedzenia, stawia sprawę jasno: jeśli dalej chcą tam działać, muszą prosić biskupa o zgodę. Jednocześnie bardzo dobitnie prymas Glemp wskazał na Radio Józef jako na oficjalną rozgłośnię archidiecezji warszawskiej, która powinna otrzymać wsparcie od wiernych, także finansowe. Dodał: „Nie każdy, nie wszędzie i nie w jakikolwiek sposób może głosić słowo Boże”.
O. Rydzyk zdążył między dwoma wystąpieniami Prymasa wydać oświadczenie, w którym odmówił prawa powoływania się na Radio Maryja jakiejkolwiek partii politycznej, co było odebrane jako pewna demonstracja wstrzemięźliwości politycznej i cofnięcie poparcia dla skłóconego ostatnio środowiska Ligi Polskich Rodzin. Tak czy inaczej sprawa stanęła na ostrzu noża. Na razie przedstawiciele diecezji gdańskiej, krakowskiej i toruńskiej oświadczyli, że nie zamierzają podejmować decyzji w sprawie biur Radia Maryja, czyli będzie tak jak dotąd było i biura będą działać.